Il sito dove sorgono i musei fa parte dei giardini esterni del palazzo Topkapı. Fondato come Museo Imperiale (İmparatorluk Müzesi), aprì al pubblico nel 1891.
Il primo direttore fu Osman Hamdi Bey, artista, archeologo e oceanografo. Le collezioni imperiali furono in seguito ampliate dalle prime leggi di tutela del patrimonio: dalle province, infatti, molti governatori inviarono beni di carattere artistico.
Dal punto di vista architettonico, l’edificio più antico è il Chiosco piastrellato, commissionato dal Sultano Mehmed II nel 1472. Tra gli esempi più significativi dell’architettura ottomana civile, era parte dei giardini esterni del complesso palaziale imperiale.
Tra il 1875 e il 1891 ospitò le nascenti raccolte imperiali. L’attuale edificio principale è stato iniziato da Osman Hamdi Bey nel 1881, deve le sue forme neogreche all’architetto Alexander Vallaury, 1908.
